Un atlas pionnier de la plasticité du cancer aidera a prédire la réponse aux thérapies anticancéreuses

Un atlas pionnier de la plasticité du cancer aidera à prédire la réponse aux thérapies anticancéreuses

Le Wellcome Sanger Institute, Parse Biosciences et le Computational Health Center de Helmholtz Munich ont annoncé aujourd'hui une collaboration visant à jeter les bases d'un atlas de cellules uniques, axé sur la compréhension et l'élucidation de la plasticité du cancer en réponse aux thérapies. Cette collaboration catalysera une phase future ambitieuse pour développer un atlas de la plasticité cancéreuse englobant des centaines de millions de cellules.

En utilisant de nouvelles plateformes de perturbation des organoïdes et d'intelligence artificielle (IA), l'objectif est de créer une base de données complète pour alimenter les modèles fondamentaux de découverte de médicaments et la recherche sur le cancer.

Le Dr Mathew Garnett, chef de groupe au Sanger Institute, et Fabian Theis, directeur du Computational Health Center au Helmholtz Munich et professeur associé au Sanger Institute, seront les principaux investigateurs de cette collaboration.

L'équipe de recherche de Garnett a créé de nouvelles cultures d'organoïdes en 3D qui servent de modèles de cancer très évolutifs et fonctionnels, capables de capturer les caractéristiques des tumeurs des patients. L'équipe utilisera un grand nombre de ces organoïdes tumoraux – des mini-tumeurs dans une boîte – comme modèle pour mieux comprendre les mécanismes de plasticité et d'adaptabilité du cancer en réponse aux traitements.

L'équipe de recherche de M. Theis a été largement reconnue pour ses algorithmes informatiques novateurs permettant de résoudre des problèmes biologiques complexes à l'intersection de l'intelligence artificielle et de la génomique des cellules uniques, dans ce contexte pour la modélisation in silico des effets des médicaments sur les systèmes cellulaires. L'initiative sera menée dans le GigaLab de Parse Biosciences, une installation de pointe spécialement in silico des effets des médicaments sur les systèmes cellulaires. L'initiative sera menée dans le GigaLab de Parse Biosciences, une installation de pointe spécialement conçue pour générer des bases de données de séquençage d'ARN à l'échelle de la cellule unique à une vitesse sans précédent.

Les équipes de Sanger, Helmholtz Munich et Parse ont développé des méthodes automatisées pour rationaliser les procédures de laboratoire en plus des méthodes informatiques nécessaires pour analyser et découvrir des informations dans des bases de données de cette taille.

L'objectif ultime de cette collaboration est de construire une carte de référence de la cellule unique qui permettra la modélisation virtuelle des cellules et contribuera potentiellement à prédire l'effet des médicaments chez les patients atteints de cancer – où la résistance peut se développer, à partir de quels composés, et où cibler les futurs efforts de traitement.

Garnett, chef d'équipe à l'institut Wellcome Sanger et codirecteur de la collaboration, a déclaré : « Nous avons mis au point une plateforme révolutionnaire qui permet à la fois le criblage à grande échelle d’organoïdes et la génération ainsi que l’analyse des données en aval – ce qui pourrait redéfinir notre compréhension des réponses thérapeutiques en cancérologie. Nous visons à développer une communauté réunissant les meilleures expertises du milieu universitaire et de l’industrie afin de faire avancer ce projet. Des études de cette envergure sont essentielles pour élaborer des modèles fondamentaux qui nous aideront à mieux comprendre la progression du cancer et à faire progresser considérablement ce domaine. »

M. Theis, directeur du Computational Health Center à Helmholtz Munich et codirecteur de la collaboration, a déclaré : « Notre vision d'un modèle virtuel de perturbation cellulaire devient de plus en plus réalisable grâce aux progrès récents de l'IA – mais pour une mise à l'échelle efficace, nous avons besoin de grandes bases de données qualitatives en matière de perturbation d'une cellule unique. Cette collaboration permet d'atteindre ce niveau, et je suis impatient de passer à la conception expérimentale pilotée par l'IA dans le domaine de la découverte de médicaments. »

Le Dr Charlie Roco, directeur de la technologie chez Parse Biosciences, a déclaré : « Nous sommes très enthousiastes à l'idée d'apporter la puissance de GigaLab à des partenaires visionnaires. En s'appuyant sur la chimie Evercode de Parse, le GigaLab peut rapidement produire de grandes séries de données unicellulaires d'une qualité exceptionnelle. La combinaison de l'expertise du Wellcome Sanger Institute et du Helmholtz Munich avec la vitesse et le niveau atteints par le GigaLab permet de modifier fondamentalement notre compréhension du cancer. »

À propos de Parse Biosciences

Parse Biosciences est une entreprise mondiale dans les sciences du vivant ayant pour mission d'accélérer les progrès de la santé humaine et de la recherche scientifique. Permettant aux chercheurs d'effectuer le séquençage de cellules uniques avec une facilité et une ampleur inégalée, son approche novatrice a permis des découvertes révolutionnaires dans le traitement du cancer, la réparation tissulaire, le traitement par cellules souches, les maladies rénales et hépatiques, le développement cérébral et le système immunitaire.

Grâce à la technologie développée à l'Université de Washington par les cofondateurs Alex Rosenberg et Charles Roco, Parse a levé plus de 100 millions de dollars en capital et est maintenant utilisé par 2 500 clients à travers le monde. Son portefeuille croissant de produits comprend Evercode™ Whole Transcriptome, Evercode™ TCR, Evercode™ BCR, Gene Select, et une solution d'analyse de données, Trailmaker™.

Parse Biosciences est basé dans le quartier animé de South Lake Union à Seattle, où la société a récemment établi son nouveau siège et ouvert un laboratoire de pointe. Pour en savoir plus, rendez-vous sur le site https://www.parsebiosciences.com/.

À propos de Helmholtz Munich

Helmholtz Munich est un centre de recherche biomédicale de premier plan. Sa mission est de développer des solutions révolutionnaires pour une meilleure santé dans un monde en constante évolution. Ses équipes de recherche interdisciplinaires se focalisent sur les maladies déclenchées par des facteurs environnementaux. Il s’agit plus précisément de la thérapie et de la prévention du diabète, de l’obésité, des allergies et des maladies pulmonaires chroniques. Grâce à la puissance de l’intelligence artificielle et du génie biologique, les chercheurs accélèrent le transfert des découvertes vers les patients. Helmholtz Munich compte environ 2 500 employés et son siège est situé à Munich/Neuherberg. L’institut est membre de l’association Helmholtz, la plus grande organisation scientifique d’Allemagne, qui regroupe plus de 43 000 employés et 18 centres de recherche. En savoir plus sur Helmholtz Munich (Helmholtz Zentrum München Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt GmbH): www.helmholtz-munich.de/en

À propos du Wellcome Sanger Institute

Le Wellcome Sanger Institute est un centre de recherche en génomique de renommée mondiale. Nous menons des recherches à grande échelle qui constituent les bases du savoir en biologie et en médecine. Nous favorisons l’ouverture et la collaboration : nos données, nos résultats, nos outils et nos technologies sont partagés à l’échelle mondiale pour faire progresser la science. Notre ambition est immense – nous entreprenons des projets qui ne pourraient être réalisés nulle part ailleurs. Nous exploitons la puissance du séquençage génomique pour comprendre et utiliser l’information contenue dans l’ADN. Financé par Wellcome, nous bénéficions de la liberté et du soutien nécessaires pour repousser les limites de la génomique. Nos découvertes servent à améliorer la santé et à mieux comprendre la vie sur Terre. Pour en savoir plus, visitez le site www.sanger.ac.uk ou suivez-nous sur Twitter, Facebook, LinkedIn et notre blog.

À propos de Wellcome

Wellcome soutient la science pour résoudre les problèmes de santé urgents auxquels nous sommes tous confrontés. Nous soutenons la recherche fondamentale sur la vie, la santé et le bien-être, et nous nous attaquons à trois problématiques sanitaires mondiales : la santé mentale, les maladies infectieuses et le climat et la santé.https://wellcome.org/

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Kaitie Kramer : [email protected]